Autor(es): Matheus Pedron Cassol
Orientador: Scheila de Avila e Silva
Quantidade de visulizações: 249
O constante alinhamento de técnicas computacionais com objetos de estudo da área da saúde potencializa a análise e compreensão dos dados obtidos. No campo da bioinformática, a construção de algoritmos voltados à montagem e anotação de genomas sequenciados é capaz de fornecer informações metabólicas de relevância biotecnológica. Permite-se, assim, a otimização e a melhoria de diferentes processos agrícolas ou industriais, como a produção de vinho. Deste modo, objetivou-se efetuar a montagem e a anotação de um sequenciamento
pair end da espécie
Torulaspora delbrueckii. Inicialmente realizou-se a análise de qualidade e duplicação de ambas leituras pelo
software FASTQC. Após a verificação dos resultados ocorreu o pré-processamento das informações com o auxílio das ferramentas
ConDeTri, TrimGalore e
Cutadapt, removendo-se os adaptadores e as leituras imprecisas. Embora tenha sido verificado a presença de sequências em duplicidade, devido à abordagem
pair end do sequenciamento, o ajuste deste parâmetro foi realizado posteriormente. O processo de montagem ocorreu por intermédio dos programas
Abyss e
SPAdes. De modo a comparar os resultados obtidos em cada método com o genoma referência do organismo, os arquivos de saída foram submetidos à análise via
QUAST, onde constatou-se maior fidedignidade na ferramenta
SPAdes. O pós-processamento foi realizado pelo
software RagTag em duas etapas. Primeiramente, houve a remoção das sequências de baixa contiguidade e, em seguida, o
scaffolding das
contigs restantes. O resultado final foi também analisado com base no genoma de referência via
QUAST, no tangente à completude, assim como pela ferramenta
BUSCO perante os genes típicos da classe
Saccharomycetes. Em conclusão, foi-se observado que o processo apresentou uma montagem confiável do genoma trabalhado, porém com maior fragmentação perante a referência. Em um panorama futuro, almeja-se o aprimoramento na contiguidade da montagem obtida, assim como a execução da anotação, permitindo maior compreensão da expressão gênica e das vias metabólicas do indivíduo alvo.
Palavras-chave: Montagem, Genoma, Biotecnologia
